1.确定整理范围：首先要确定机关文书档案的整理范围，明确需要整理的文书种类、年代、部门、档案类型等。

2.制定整理计划：根据整理范围，制定详细的整理计划，包括整理时间、人员、物资等方面的安排。

3.分类归档：将需要整理的文书进行分类归档，按照文件的主题、时间、机关部门等方面进行分类整理。

4.鉴定核定：对归档的文书进行鉴定核定，确定其真实性、合法性和完整性。

5.修整整理：对已经鉴定核定的文书进行修整整理，包括翻修、拆卸、复制、装订等。

6.编制目录：根据整理好的文书，编制目录，包括文件题名、时间、机关部门等方面的内容。

7.装箱存档：将整理好的文书按照目录顺序装箱存档，并严格进行登记管理。

8.备份保存：对重要的机关文书进行备份保存，以确保文书的安全性和可靠性。

9.定期检查：定期对已经存档的文书进行检查，确保其完整性和可读性，并及时进行修整整理。

10.销毁处理：对那些不再需要保留的文书进行销毁处理，以节约存储空间，同时也要注意保护机关文书的保密性。