智慧档案库房建设系统的设计应该包括以下几个方面：

1. 系统架构设计：确定系统的整体架构，包括前端、后端、数据库等各层的构建方式和技术选型。

2. 功能模块设计：根据档案库房的实际需求，设计相应的功能模块，如档案管理、存储管理、检索查询、借阅归还等。

3. 用户权限设计：根据不同用户角色和职责，设置相应的权限，确保数据安全性和操作规范性。

4. 数据库设计：设计符合业务需求的数据库结构，并考虑数据量、存储容量及备份恢复等问题。

5. 接口设计：为了方便用户使用，可考虑与其他系统进行接口对接，以实现数据共享和互通。

6. 安全性设计：采用多重安全措施，包括数据加密、防护措施、日志记录等，确保数据安全性和系统的稳定性。