1. 数据安全：常常需要处理敏感信息，如个人身份证号码、银行账号等数据，因此数据安全成为一个首要问题。

2. 数据质量：在数字化过程中，可能出现数据丢失、损坏、错误等问题，导致数字化文件的质量不佳，需要保证数据的完整性和准确性。

3. 数字化速度：处理大量的纸质档案可能需要大量时间，而数字化速度则会对客户满意度产生重大的影响。

4. 文件格式兼容性：管理的文件各不相同，需要转换成不同类型的文件格式形成备份，可能存在兼容性问题，需要充分检查和备份数据。

5. 数据存储：數位化種類日新月異，保持加密文件彙整到安全的存储空間維護應用程式，以及提供遠端訪問，也是數位化公司的一個挑戰。

6. 维护成本：数字化文件需要定期维护和更新，如防病毒软件更新、备份数据更新、存储设备的检验和更新等工作，需要一定的成本和资源。

7. 法律要求：数字化文件的存储和维护需要遵循相关法律规定，如个人隐私保护等问题，需要对涉及到的法律法规充分了解和遵守。