1. 数据安全：档案信息化建设涉及大量机密和敏感信息，因此数据安全成为一个难点。需要建立高效的数据加密技术和完善的数据备份和恢复机制，来保障数据的安全性。
2. 统一标准：档案信息化建设需要各单位间进行数据共享和互通，但由于各单位的数据格式和标准不同，数据共享和整合变得异常困难。因此，建立一个行业统一的标准化数据库成为关键。
3. 工作流程：传统的档案管理一般采用人工进行，流程繁琐，效率低下；而档案信息化建设需要有合理的工作流程设计和流程优化，以达到高效处理和准确记录档案。
4. 技术水平：档案信息化建设需要高精度的扫描、识别和存储技术，需要先进的计算机技术和高效的软件支撑。因此，需要对技术人员进行培训和支持，提高其技术水平。
5. 资金投入：档案信息化建设需要大量的资金投入，包括硬件软件设备、专业人员、网络建设等方面。对于一些财政压力较大的单位来说，资金投入是一个相对难点的问题。
