招标代理档案整理是招标代理机构日常工作中非常重要的一项工作。下面是做好招标代理档案整理的一些建议：

1.建立档案管理制度

招标代理机构应当建立档案管理制度，明确档案的分类、保管、查询和销毁等具体规定，确保档案管理的规范化和科学化。

2.分类整理档案

招标代理机构应当按照档案管理制度的规定，对各类招标项目的档案进行分类整理，包括招标文件、招标公告、投标文件、评标报告等。

3.建立档案目录

招标代理机构应当建立档案目录，对每个招标项目的档案进行编号、归档，并建立档案目录，以便于查询和管理。

4.保管档案

招标代理机构应当合理保管档案，包括选择合适的存储设施、制定保管规定、定期检查档案状况等。

5.及时销毁档案

招标代理机构应当按照档案管理制度的规定，及时销毁不需要保留的档案，以保证档案的及时更新和整理。

总之，做好招标代理档案整理是招标代理机构日常工作中非常重要的一项工作，需要招标代理机构严格遵守档案管理制度，分类整理档案，建立档案目录，合理保管档案，及时销毁档案等。