档案数字化公司应设立完整的管理制度，并对员工进行相关培训。以下是一些可能包括的管理制度：

1. 质量管理体系：建立和实施一套完整的质量手册和企业管理程序，保证数字化服务的质量和客户满意度。

2. 信息安全管理体系：制定和实施信息安全管理政策，依据国家、行业和公司的相关标准，建立信息安全管理体系。

3. 保密制度：建立严格的保密制度，保护客户数据和机密信息，确保所有工作人员都遵守行业标准和相关法律法规。

4. 人员管理制度：设立招聘、使用、培训、奖惩、监督等制度，明确员工职责和工作标准，保证数字化服务的质量和效率。

5. 安全管理制度：建立和实施安全管理制度，包括环境、设备、数据和人员的安全管理，确保数字化服务的安全性和可靠性。

6. 项目管理制度：制定和实施项目管理制度，包括项目计划、资源分配、进度控制和评估等，保证数字化服务项目的顺利进行。

7. 财务管理制度：设立财务管理制度，明确财务管理流程，包括收入、支出、会计凭证、账务核对等，保证数字化服务的经济效益。

8. 社会责任：遵守社会道德规范和法律法规，积极履行企业社会责任，提升企业品牌形象和声誉。