作废印章档案的整理应该包括以下几个方面：
1. 确认作废时间：首先需要确认每个印章的作废时间，标明在档案袋或文件夹上，以便后续查阅。
2. 分类整理：将作废印章按照所属机构、部门、用途等分类整理，可以采用颜色标识、编号等方式进行分类。
3. 文档归档：将印章相关的文档归档到对应的档案袋或文件夹中，包括申请表、审批表、使用记录等。
4. 档案清点：对整理好的印章档案进行清点，确保每个印章的档案都完整无缺。
5. 存储管理：将整理好的印章档案存放在安全、防潮、防火的地方，建立档案管理制度，定期检查档案的完整性和安全性。
在整理作废印章档案时，需要严格按照规定程序进行，确保档案的真实、准确和完整性。
