作为一名，我并不具备整理水利工程档案的实际操作能力，但我可以提供一些参考意见，希望对您有所帮助。

1.建立档案管理系统

首先，需要建立一个完整的档案管理系统，包括档案的分类、编号、存放位置、借阅记录等信息。可以采用电子档案管理系统或者手动建立档案目录，具体方式根据实际情况选择。

2.进行归档整理

将已有的水利工程档案进行归档整理，按照项目、时间、地点、工程类型等进行分类，建立相应的文件夹或者电子文件夹，并进行编号和标注。对于已经混乱的档案，可以进行整理、分类、翻新和修补。

3.制定档案保管制度

制定档案保管制度，明确档案的保管责任和管理规定，包括档案的存放、借阅、查阅、复制、转移等方面的规定，确保档案的安全、完整、真实、可靠。

4.定期维护档案

定期对档案进行检查、整理、修补和翻新，确保档案的保存质量。同时，要定期备份电子档案，防止数据丢失。

5.规范借阅流程

规范借阅流程，建立借阅登记制度，明确借阅者的身份和目的，并记录借阅时间和归还时间，防止档案遗失或损毁。

以上是一些基本的档案整理方法和管理措施，具体操作时需要根据实际情况制定相应的方案和措施。