以下是最新工程档案整理方法：

1. 确定文件分类和命名规则：确定文件分类和命名规则，以便于查找和整理文件。例如，可以根据项目或日期对文件进行分类，然后按照一定的命名规则进行命名。

2. 建立档案目录：根据文件分类和命名规则，建立档案目录，并在每个目录下建立相应的子目录，以便于存放不同类型的文件。

3. 归档文件：将文件按照分类和命名规则归档到相应的目录中，同时确保文件的完整性和准确性，并记录文件的存放位置和归档时间。

4. 标识档案：对档案进行标识，以便于快速定位和查找文件。例如，可以在文件名前加上标识符，如“P”代表项目文件，“D”代表设计文件等。

5. 定期更新档案：定期更新档案，删除过时和无用的文件，并将新的文件归档到相应的目录中，保持档案的整洁和有序。

6. 数字化档案：将纸质档案数字化存储，以便于远程访问和管理，同时减少纸质档案的占用空间和管理成本。

7. 建立档案管理制度：建立档案管理制度，规范档案的整理、存储、查找和使用，确保档案的安全和保密。同时，需要建立档案保管责任制，明确档案保管人员的职责和权利。