最底层次的档案分类整理可以按照以下方式进行：

1. 按照文件类型进行分类，例如文本文件、图像文件、音频文件、视频文件等。

2. 按照文件格式进行分类，例如PDF、Word、Excel、JPEG、PNG等。

3. 按照文件大小进行分类，例如小于1MB、1MB-5MB、大于5MB等。

4. 按照文件使用频率进行分类，例如常用文件、偶尔使用文件、很少使用文件等。

5. 按照文件创建时间进行分类，例如按照月份、季度、年份等进行分类。

6. 按照文件主题进行分类，例如按照项目、客户、部门等进行分类。

7. 按照文件重要程度进行分类，例如按照重要性、紧急性等进行分类。

8. 按照文件存储位置进行分类，例如按照本地硬盘、云端、U盘等进行分类。