组工干部应该按照以下步骤整理档案：

1. 制定整理计划：根据文件归档分类制度和文件保管期限，制定整理计划，确定哪些文件需要保留，哪些需要销毁，并制定时间表。

2. 分类整理：按照文件归档分类制度对文件进行分类整理，将文件按照文件类型、时间顺序、重要性等进行分类，标注文件名称、编号、日期等信息。

3. 整理清理：对于无需保留的文件，按照文件保管期限和文件销毁程序进行清理处理，如销毁、归档或移交。

4. 归档保管：对于需要保留的文件，按照规定的归档程序进行归档，如分类编号、封装，存放在规定的档案室，并制定档案管理制度和档案查阅制度。

5. 档案维护：对于已经归档的文件，定期进行维护和更新，更新文件的状态和位置，更新文件的保管期限，保证档案的完整性和准确性。

6. 档案借阅：对于需要借阅文件的人员，根据档案查阅制度进行借阅，借阅后及时归还，保证档案的安全和完整性。

7. 档案销毁：对于已经达到文件保管期限或者已经失去使用价值的文件，按照文件销毁程序进行销毁处理，保证档案的安全和保密性。