综治主任是指负责城市综合治理工作的领导干部，其工作职责包括制定和实施城市综合治理规划、协调各部门开展综合治理工作、组织开展社会治安防控和矛盾纠纷调处等。作为综治工作的主要负责人，综治主任需要整理档案以保证综治工作的顺利进行。

综治主任需要整理的档案包括：

1. 城市综合治理规划：包括制定和实施的规划、年度工作计划、绩效评估等相关文件。

2. 综合治理工作记录：包括各部门开展综治工作的情况、重点区域和重点领域的整治情况、防控措施等。

3. 社会治安防控档案：包括犯罪案件的登记、调查、处理情况，重点人员的登记、管控措施，公安机关和社区组织开展的防控工作等。

4. 矛盾纠纷调处档案：包括各类矛盾纠纷的登记、调查、处理情况，调解协议和执行情况等。

综治主任需要做好档案的整理和保管工作，确保档案的完整性和可查询性。同时，要注意保护涉密信息和个人隐私，遵守相关法律法规和保密制度。对于涉及到的重要文件和资料，要进行备份和加密存储，防止丢失或泄露。