综合治理档案的整理包括以下几个步骤：

1. 收集档案资料：收集与综合治理相关的文件、报告、会议记录、调查报告、统计资料等。

2. 分类整理：根据档案资料的性质、用途、时间等，将其分门别类，按照一定的分类规则整理归档。

3. 档案鉴定：对收集到的档案资料进行鉴定，确定其真实性、合法性和完整性，保证档案的可信度和可靠性。

4. 档案编目：根据已经分类整理的档案资料，制定档案编目表，进行档案的规范化管理。

5. 档案存储：将档案资料存放在专门的档案库房中，按照规定的存储方式和时间进行存储。

6. 档案利用：对存放在档案库房中的档案资料进行分类、索引等处理，以便于查询、利用和管理。

总之，综合治理档案的整理需要遵循档案管理的规范和标准，保证档案的完整性、真实性和可信度，以便于后续的治理工作和历史研究。