综合治理档案整理包括以下步骤：

1. 确定档案整理的目的和范围。明确整理的目的，是为了什么目的整理档案，整理的范围包括哪些部门或领域。

2. 建立档案整理工作小组。根据整理的范围，组建专业的档案整理小组，确定小组负责人和成员，明确各自的职责和任务。

3. 制定档案整理计划。制定详细的档案整理计划，包括整理时间、整理内容、整理方法、整理标准等，以确保整理工作有序进行。

4. 档案分类和清理。根据整理计划，对所涉及的档案进行分类和清理，将有用的档案留存下来，无用的档案进行销毁或归档。

5. 档案鉴定和整理。对留存下来的档案进行鉴定和整理，包括整理、分类、编目、装订等。

6. 档案归档和保管。对整理好的档案进行归档和保管，确保档案的安全可靠。

7. 档案利用和管理。对整理好的档案进行利用和管理，以满足工作需要和社会公众的需求。

总之，综合治理档案整理是一个系统的工程，需要科学的规划和有序的实施，以确保档案的安全、可靠和有效利用。