综合治理档案盒整理是指对企业、政府机关等组织内的各种档案进行整理、分类、归纳、保管、利用和管理的过程。这是一个系统性的工作，需要按照一定的规范和标准进行操作。以下是综合治理档案盒整理的一些重要步骤：

1. 确定整理范围：首先需要确定需要整理的档案种类、范围和数量，以及整理的目的和要求。

2. 制定整理计划：根据整理范围、时间和人力资源等因素，制定整理计划，明确工作目标和任务。

3. 分类归档：按照文件分类标准和文件管理制度，对档案进行分类、归档和编目。

4. 清理淘汰：对无用、重复、过期、损坏的档案进行清理淘汰，保留的档案进行加固、修补和整理。

5. 整理加工：对档案进行整理、翻案、封装、标注，使其具有可读性、可查性和可保护性。

6. 存储保管：按照档案保存期限和要求，选择合适的存储设施和环境，进行存储保管。

7. 利用管理：对档案进行利用和管理，实现档案的价值和效益，保障档案的安全和完整性。

以上是综合治理档案盒整理的一些基本步骤，需要在实际操作中结合档案的具体情况和要求进行具体的操作。