综合素质评价档案通常由学校或教育部门负责整理和管理。学生在学校内完成各项综合素质评价活动后，学校应该将相关材料进行归档和整理，包括学生的自我评价、教师评价、家长评价等多种评价方式的结果。这些档案通常会在学生毕业或离校时进行整理和归档，以备日后的教育或就业用途。