综合素质发展报告档案整理主要包括以下步骤：

1. 收集报告资料：收集学生综合素质发展报告，包括学生自我评价、班主任评价、家长评价等相关资料。

2. 整理分类：将收集到的报告资料进行整理分类，按照学生姓名、年级、班级等方式进行归档。

3. 建立档案：根据学生的信息建立档案，包括学生基本信息、综合素质发展报告、个人成长记录等内容。

4. 归档存储：将建立好的档案进行归档存储，确保档案的安全性和可靠性。

5. 维护更新：定期对档案进行维护更新，及时更新学生的综合素质发展记录以及个人成长记录等。