综合素质档案应该在学生所就读的学校或教育机构中进行整理和管理。学校或机构应该建立完善的档案管理制度，确保学生的综合素质档案得到有效管理和利用。同时，学生也要积极参与综合素质档案的整理和管理工作，及时更新和完善自己的档案，以便更好地展示自己的综合素质和发展潜力。