综合评价系统的档案整理包括以下几个方面：

1.建立档案管理制度

首先需要建立档案管理制度，明确档案的分类、归档、保管、查询和销毁等规定，确保档案的安全性、完整性和可追溯性。

2.分类整理档案

将综合评价系统的各项数据和材料按照一定的分类方式进行整理，例如按照时间、地点、类型等分类方式进行整理，确保档案的有序性。

3.数字化档案

将档案数字化处理，建立电子档案库，便于档案的管理和查询，同时可以提高档案的安全性。

4.建立档案索引

建立档案索引，对档案进行标识和编号，方便查询和管理。

5.加强档案保管

加强档案保管，确保档案的安全性，防止遗失、损坏和泄露等情况的发生。

6.定期检查和更新档案

定期检查和更新档案，及时清理和归档新的数据和材料，确保档案的及时性和准确性。

总之，综合评价系统的档案整理是一个非常重要的工作，需要建立完善的档案管理制度，加强档案保管和更新，确保档案的完整性和可靠性。