综合档案资料整理方法可以分为以下几个步骤：

1. 确定整理目的和范围：确定整理的目的和范围，例如整理某个人的个人档案、某个机构的历史档案、某个项目的资料档案等。

2. 收集资料：收集需要整理的所有资料，包括纸质文件、电子文件、图片、音频、视频等。

3. 分类归档：对收集到的资料进行分类归档，例如按照时间、主题、部门、人员等进行分类。

4. 清理筛选：对资料进行清理筛选，把无用的资料删除或归档，保留有用的资料。

5. 编目编号：对资料进行编目编号，建立档案目录和索引，方便查找和使用。

6. 数字化处理：对纸质文件进行数字化处理，包括扫描、OCR识别等，把电子文件进行备份和归档。

7. 存储保管：对整理好的资料进行存储保管，包括纸质档案的保管和电子档案的备份和存储。

8. 定期维护：定期对整理好的资料进行维护和更新，保证档案的完整性和可靠性。

综合档案资料整理方法需要注意以下几个问题：

1. 保护隐私：在整理档案资料时需要注意保护隐私，尤其是个人隐私和机密文件。

2. 按照规范操作：需要按照规范的操作流程进行整理，避免出现错误和遗漏。

3. 确立负责人：需要确定负责整理资料的人员，明确责任和权限。

4. 建立档案管理制度：需要建立档案管理制度，规范档案的管理和使用。