综合档案整理方案包括以下几个步骤：

1. 确定整理目标：根据档案类型、数量、保存期限等因素，确定整理的目标和范围。

2. 制定整理计划：根据目标和范围，制定整理计划，包括整理时间、人员、工具、方法等方面的安排。

3. 分类整理档案：根据档案种类、属性、内容等进行分类整理，建立档案目录和清单。

4. 检查档案完整性：检查档案是否完整，如有缺失或遗漏的档案，及时补充、整理和归档。

5. 清理、修整档案：清理档案中的杂物和垃圾，并对档案进行整齐、平整、干燥、防潮等处理。

6. 制作档案封面、标签：制作适当的档案封面和标签，标明档案名称、编号、保存期限等信息，以便管理和查找。

7. 归档档案：按照目录和清单，将整理好的档案进行归档，建立档案室或档案柜，保证档案的安全和完整性。

8. 定期维护和更新：定期对档案进行检查和维护，及时更新档案目录和清单，保证档案的及时性和正确性。