综合档案整理的方法有以下几个步骤：

1.分类整理：将档案按照不同的类别进行分类，如人事档案、财务档案、合同档案等。

2.归档编号：给每个档案进行归档编号，以便于查找和管理。

3.建立档案目录：建立档案目录，记录每个档案的具体信息，包括档案编号、名称、类别、存放位置等。

4.建立档案档案室：建立档案室，对档案进行统一的存放和管理，确保档案的安全和完整性。

5.定期检查：定期对档案进行检查，确保档案的完整性和安全性，防止档案遗失或损坏。

6.数字化管理：对于需要长期保存的档案，可以进行数字化管理，建立电子档案库，以便于档案的长期保存和查找。

7.销毁处理：对于已经失效或过期的档案，进行销毁处理，以减少档案的存储空间，同时确保档案的安全性和保密性。